故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……...

　　故事发生在陕西关中地区。随着深夜的一声爆炸，古墓被炸开，引来了蜂涌而至哄抢的村民，杨乖娃私藏一只编钟，他想借机倒卖出去，不料引来杀身之祸，其女杨秀为完成父亲遗愿，变成一个冷峻妖冶的盗墓贼。文侦队长秦安平负责文物的侦破工作，通过调查得知，文化局的宋若虚是本地最大文物走私盗墓团伙的头目，秦安平与其展开了正义与邪恶的较量，丧心病狂的宋若虚竟以秦安平儿子的生命相威胁。顶风作案的宋若虚终于进入藏宝密室，...

　　高级督察赵快乐在一次围剿劫匪行动中，不幸被子弹打中头部，需要休养九个月。赵复出之日，有四个积犯，在监房发难，胁持一电脑专家死火德及杀死惩教署人员越狱，警方高层震动，令赵快乐与资深警员臭口金合作缉捕四匪。死火德未婚妻伥鸡英尚在狱中服刑；为求查出死火德行踪，赵假释伥鸡英出狱作为警方线人，同时展开全面展开追查行动……...

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。...

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”...

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……“所以说过去的事情我不知道啦！”面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说...

...

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴走。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数...

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是...

1948年，国共两党的搏杀已经到了最为关键的时刻。国统区政经体制混乱失控，物价飞涨，贪官横行，国民政府的统治早就危如累卵，大厦将倾。与此同时，另一头国民党空军笕桥航校上校教官方孟敖（刘烨 饰）正因违抗军令接受审判。方出身于富庶世家，他是中央银行北平分行经理方步亭（王庆祥 饰）的公子，而另一个身份则是我党潜伏在国军中的地下党员。方经蒋经国干涉，得以免罪转到国防部预备干部局，随后参与“孔雀东南飞”行动...